امام پس از زیارت حضرت معصومه(س)، به مدرسه فیضیه قم وارد شدند. آمدن ایشان بعد از 15 سال دوری از خانه خود به مدرسه فیضیه قم، خود نشانهای از آن بود که ایشان توجه خاصی به این مدرسه دارند. امام در سخنان تاریخی خود در مدرسه فیضیه فرمودند: «... من از عواطف شما ملت ایران تشکر میکنم. من شما ملت رنجدیده را فراموش نمیکنم. من از عهده تشکر شما برنمیآیم. من از خدای تبارک و تعالی سلامت و سعادت ملت ایران را خواستارم. ملت ایران با جان و خون خود اسلام را زنده کرد، تجدید حیات کرد برای اسلام و مسلمین، کوششهای قریب 300 ساله استعمار و اجانب را خنثی کرد.قریب 300 سال اجانب تبلیغات کردند، تبلیغات بر ضد اسلام، تبلیغات بر ضد همه ادیان، تبلیغات بر ضد روحانیت. در زمان این پدر و پسر تبلیغات اوج گرفت. این عمال اجنبی در این پنجاه و چند ساله تمام حیثیات ملت ما را پایمال کرد. این پدر و پسر خیانت کردهاند که روی تاریخ را سیاه کردهاند. این پدر و پسر جنایتهایی در ایران کردهاند که ما نمیتوانیم عشر آن را و صد یک آن را بیان کنیم. اینها ملت ما را به اسارت کشاندند. اینها خزائن ما را به یغما بردند. اینها نیروی انسانی ما را از بین بردند- از همه مهمتر نیروی انسانی است- کوشش کردند که جوانهای ما را عقب نگه دارند. دانشگاههای ما را عقب نگه دارند. مدارس علمی ما را نگذارند به کار علمی خود مشغول باشند. من از شما ملت ایران و از شما مردم قم باید تشکر کنم که در این قیام یکی دو ساله اخیر تمام نقشههای آنها را نقش برآب کردید و عمال استعمار را از مملکت خودتان راندید و بقیهای هم که ماندهاند، رانده خواهند شد. دست استعمار را کوتاه کردید. منفعتخواهان را. چپاولگران بینالمللی را دستشان را قطع کردید. خون دادید، جوان دادید، لکن خون و جوان شما به نفع اسلام و برای اسلام بود. اسلام عزیزتر از آن است که ما خوف داشته باشیم که خونمان یا جوانمان در راه او شهید شود. اسلام شهیدان زیادی داشته است. امیرالمومنین، سلامالله علیه، شهید اسلام است و برای اسلام شهادت پیدا کرد. حسین بن علی، سلامالله علیه، در راه اسلام شهید شد. ما باکی از کشته شدن نداریم. ما باکی از شهادت نداریم. شما ملت ایران که با خون خود، با جوانهای خود اسلام را بیمه کردید، دست اجانب را قطع کردید، شما بر همه ما منت دارید. من از همه شما منت میکشم. من خادم همه شما هستم. من نمیتوانم شکر این نعمتی که به ما داده است و آن غیرتمندان سرتاسر ایران است، نمیتوانم از عهده شکر آنها برآیم. شما این راه را تا اینجا رساندید. اینها رفتند از ایران و یک مملکت خراب و یک قبرستانهای آبادی برای ما گذاشتند. قبرستانهای ما را با قبرهای جوانان ما آباد کردند و مملکت را خراب کردند. آشفتگی مملکت ما و ازهمریختگی مملکت ما طوری نیست که بتوان با یکی دو سال و مدت قلیلی آباد کرد. این محتاج به آن است که همه ملت ایران دست به دست هم بدهند، با هم این خرابه را آباد کنند. ننشینید که دولت آباد کند. دولت نمیتواند آباد کند. ننشینید که روحانیت آباد کند. روحانیت تنها نمیتواند آباد کند. ما همه با هم از کشاورز و کارگر تا صانع و ملا، تا روحانی و دانشگاهی، تا اداری و ارتشی همه با هم باید کمک کنند. این نهضت که تا اینجا رسیده است، نیمه راه است. فقط دزدها را بیرون کردید، لیکن خرابهها مانده است. مهم برای خرابه است. مهم این است که این خرابههایی که برای ما گذاشتهاند به همت والای شما، با همت عظیم ملت بزرگ ایران این خرابه از سر آباد شود.... دیگر امروز تظاهرات تظاهرات غیرآرام نیست. باید این نهضت محفوظ بماند. باید این ملت زنده بماند. گذشت آن زمانی که یک پاسبان بر ما حکومت میکرد. گذشت آن زمانی که یک استاندار بر ما حکومت میکرد. گذشت آن زمانی که یک ستارهدار بر ما حکومت میکرد. امروز همه در خدمت شما هستند. در خدمت اسلام هستند. این نعمت را قدر بدانید. سستی و سردی را به خود راه ندهید. نگویید او رفت و تمام شد. خیر، استعمار مطالعه کرده، 300 سال یا بیشتر مطالعه کرده، مطالعه روحیات شما را کرده است، مطالعه طوایف مختلف ایران را کرده است و به این نتیجه رسیده است که باید اختلاف بیندازد. بین طوایف مسلمین اختلاف بیندازد.

استقبال علمای قم از امام
حضرت آیتالله شریعتمداری و حضرت آیتالله نجفیمرعشی و حضرت آیتالله گلپایگانی به استقبال امام آمدند. آنچنان شهر زیبای قم در شور و هیجان و شادمانی فرو رفته بود که گویی در این شهر هیچ مادر داغدیدهای به یاد فرزند از دست رفتهاش نبود و این غم را با دیدن امام امت از یاد برده و هیچ فرزند یتیم و پدرمردهای وجود نداشت، زیرا آنان با آمدن امام خود را بیپناه نمیدیدند.